Это целевой анализ секвенирования нового поколения (NGS), который обеспечивает комплексное решение для геномного профилирования, подходящее для тканей, залитых парафином (FFPE), фиксированных формалином. Анализ позволяет одновременно анализировать ДНК и РНК для одновременного обнаружения нескольких биомаркеров, связанных с целевыми исследованиями и исследованиями иммунных контрольных точек, включая комплексные мишени, которые имеют отношение к раку, в одном рабочем процессе. Oncomine Comprehensive Assay Plus охватывает более 500 уникальных генов, включая ключевые гены-драйверы рака, такие как EGFR, BRAF, KRAS, ERBB2 и MET, слияния с участием ALK, ROS1, RET и NTRK1/2/3 и многое другое. 

Основные моменты комплексного анализа Oncomine Plus

• Профиль 500+ уникальных генов для анализа биомаркеров одного гена и нескольких генов
• Обнаружение биомаркеров одного гена из всех типов вариантов, включая SNV, indels, CNV, известные и новые слияния и варианты сращивания
• Анализ сложных мультигенных биомаркеров на наличие мутационных сигнатур, включая микросателлитную нестабильность (MSI) опухолевой мутационной нагрузки (TMB) для исследований иммунотерапии
• Выявление недостатков в репарации гомологической рекомбинации (HRR) путем оценки вариантов в 42 генах пути HRR и геномной нестабильности с потерей гетерозиготности на уровне образца (LOH)
• Обнаружение сложных вариантов потери функции (включая LOH на уровне генов) в ключевых генах HRR, включая BRCA1 и BRCA2 

Образец: Ткань, закрепленная формалином, залитая парафином (FFPE)

Клинические показания: Охватывают любую из солидных опухолей, таких как легкие, молочной железы, яичники, простата, щитовидная железа, меланома, тимус, матка, глиома, стромальная опухоль желудочно-кишечного тракта, мочевой пузырь, поджелудочная железа, гепатоцеллюлярная карцинома, саркомы)

Код:   NGS009

 

Oncomine Comprehensive Plus Assay/Gene list(N=233)
Hot Spot Genes			CNV Gain Genes	Copy Number Variation and Hotspot Genes					Gene Fusions (Inter- and Intra-genic)
ACVR1	NTRK2	GLI1	ABCB1	ABL1	H3-3A	PIK3R2	CDK4	MAX	AKT1	MYB
ATP1A1	NUP93	GNA11	CTNND2	ABL2	H3-3B	PIM1	CDK6	MDM4	AKT2	MYBL1
BCR	PAX5	GNAQ	DDR1	AKT1	IDH2	PLCG1	CHD4	MECOM	AKT3	NOTCH1
BMP5	PIK3CD	H2BC5	EMSY	AKT2	IKBKB	PPP2R1A	DDR2	MEF2B	ALK	NOTCH2
BTK	PIK3CG	H3C2	FGF19	AKT3	IL7R	PPP6C	EGFR	MET	AR	NOTCH3
CACNA1D	PTPRD	HIF1A	FGF23	ALK	KDR	PRKACA	EIF1AX	MITF	BRAF	NRG1
CD79B	RGS7	HRAS	FGF3	AR	KIT	PTPN11	ERBB2	MPL	BRCA1	NTRK1
CSF1R	RHOA	IDH1	FGF4	ARAF	KLF5	PXDNL	ERBB3	MTOR	CDKN2A	NTRK2
CTNNB1	RPL10	IL6ST	FGF9	AURKA	KRAS	RAC1	ERBB4	MYC	EGFR	NTRK3
CUL1	SIX1	IRF4	FYN	AURKC	MAGOH	RAF1	ESR1	MYCN	ERBB2	NUTM1
CYSLTR2	SIX2	IRS4	GLI3	AXL	MAP2K1	RARA	EZH2	MYD88	ERBB4	PIK3CA
DGCR8	SNCAIP	KLF4	IGF1R	BCL2	MAPK1	RET	FAM135B	NFE2L2	ERG	PIK3CB
DROSHA	SOS1	KNSTRN	MCL1	BCL2L12	TPMT	RHEB	FGFR1	NRAS	ESR1	PPARG
E2F1	SOX2	MAP2K2	MDM2	BCL6	U2AF1	RICTOR	FGFR2	NTRK1	ETV1	PRKACA
EPAS1	SRSF2	MED12	MYCL	BRAF	USP8	RIT1	FGFR3	NTRK3	ETV4	PRKACB
FGF7	STAT5B	MYOD1	RPS6KB1	CARD11	XPO1	ROS1	FGFR4	PCBP1	ETV5	RAF1
FOXL2	TAF1	NSD2	RPTOR	CBL	ZNF217	SETBP1	FLT3	PDGFRA	FGFR1	RARA
FOXO1	TGFBR1	NT5C2	YAP1	CCND1	ZNF429	SF3B1	FLT4	PDGFRB	FGFR2	RELA
TSHR	TRRAP	WAS	YES1	CCND2	STAT6	SLCO1B3	FOXA1	PIK3C2B	FGFR3	RET
				CCND3	TERT	SMC1A	GATA2	PIK3CA	MAP3K8	ROS1
				CCNE1	TOP1	SMO	GNAS	PIK3CB	MET	RSPO2
				SPOP	SRC	STAT3			MTAP	RSPO3
									STAT6	TFE3
									TERT	TFEB
									YAP1

 

Oncomine Comprehensive Plus Assay/Gene list-CNV

CNV Loss and CDS (n=206)

CDS Only Genes(n=21)

TMB only genes (n=86)

ABRAXAS1

CDKN2C

FANCM

MUTYH

RAD54L*

CALR

A1CF

OR2T4

ACVR1B

CHEK1*

FAT1

NBN*

RASA1

CIITA

ACSM2B

OR2W3

ACVR2A

CHEK2*

FBXW7

NCOR1

RASA2

CYP2D6

ADAM18

OR4A15

ADAMTS12

CIC

FUBP1

NF1

RB1

ERCC5

ANO4

OR4C15

ADAMTS2

CREBBP

GATA3

NF2

RBM10

FAS

ARMC4

OR4C6

AMER1

CSMD3

GNA13

NOTCH1

RECQL4

ID3

BRINP3

OR4M1

APC

CTCF

GPS2

NOTCH2

RNASEH2A

KLHL13

C6

OR4M2

ARHGAP35

CTLA4

HDAC2

NOTCH3

RNASEH2B

MTUS2

C8A

OR5D18

ARID1A

CUL3

HDAC9

NOTCH4

RNF43

PSMB10

C8B

OR5F1

ARID1B

CUL4A

HLA-A

PALB2*

RPA1

PSMB8

CANX

OR5L1

ARID2

CUL4B

HLA-B

PARP1

RUNX1

PSMB9

CASR

OR5L2

ARID5B

CYLD

HNF1A

PARP2

SDHA

RNASEH2C

CD163

OR6F1

ASXL1

CYP2C9

INPP4B

PARP3

SDHB

RPL22

CNTN6

OR8H2

ASXL2

DAXX

JAK1

PARP4

SDHD

RPL5

CNTNAP4

OR8I2

ATM*

DDX3X

JAK2

PBRM1

SETD2

RUNX1T1

CNTNAP5

OR8U1

ATR

DICER1

JAK3

PDCD1

SLX4

SDHC

COL11A1

ORC4

ATRX

DNMT3A

KDM5C

PDCD1LG2

SMAD2

SOCS1

DCAF4L2

PAK5

AXIN1

DOCK3

KDM6A

PDIA3

SMAD4

STAT1

DCDC1

PCDH17

AXIN2

DPYD

KEAP1

PGD

SMARCA4

TMEM132D

GALNT17

PDE1A

B2M

DSC1

KMT2A

PHF6

SMARCB1

UGT1A1

GPR158

PDE1C

BAP1

DSC3

KMT2B

PIK3R1

SOX9

ZBTB20

GRID2

PLXDC2

BARD1*

ELF3

KMT2C

PMS1

SPEN

HCN1

POM121L12

BCOR

ENO1

KMT2D

PMS2

STAG2

HLA-C

PPFIA2

BLM*

EP300

LARP4B

POLD1*

STK11

KCND2

RBP3

BMPR2

EPCAM

LATS1

POLE*

SUFU

KCNH7

REG1A

BRCA1*

EPHA2

LATS2

POT1

TAP1

KEL

REG1B

BRCA2*

ERAP1

MAP2K4

PPM1D

TAP2

KIR3DL1

REG3A

BRIP1*

ERAP2

MAP2K7

PPP2R2A*

TBX3

KRTAP2-1

REG3G

CASP8

ERCC2

MAP3K1

PRDM1

TCF7L2

KRTAP6-2

RPTN

CBFB

ERCC4

MAP3K4

PRDM9

TET2

LRRC7

RUNDC3B

CD274

ERRFI1

MAPK8

PRKAR1A

TGFBR2

MARCO

SH3RF2

CD276

ETV6

MEN1

PTCH1

TNFAIP3

NLRC5

SLC15A2

CDC73

FANCA

MGA

PTEN*

TNFRSF14

NOL4

SLC8A1

CDH1

FANCC

MLH1

PTPRT

TP53*

NRXN1

SYT10

CDH10

FANCD2

MLH3

RAD50

TP63

NYAP2

SYT16

CDK12*

FANCE

MRE11

RAD51

TPP2

OR10G8

TAPBP

CDKN1A

FANCF

MSH2

RAD51B*

TSC1

OR2G6

TPTE

CDKN1B

FANCG

MSH3

RAD51C*

TSC2

OR2L13

TRHDE

CDKN2A

FANCI

MSH6

RAD51D*

USP9X

OR2L2

TRIM48

CDKN2B

FANCL*

MTAP

RAD52

VHL

OR2L8

TRIM51

ZRSR2

ZMYM3

ZFHX3

XRCC3

WT1

OR2M3

ZIM3

XRCC2

OR2T3

ZNF479

OR2T33

ZNF536